锂电窑炉外轨自动循环线中，三元锂电池和磷酸铁锂电池的应用可能根据具体需求和场景有所不同。这两者之间的主要区别体现在以下几个方面：
1、结构组成与正极材料：三元锂电池正极主含镍、钴、锰化合物，如锂镍钴锰氧化物；磷酸铁锂电池正极用磷酸铁锂。负极上，三元锂电池常用石墨，磷酸铁锂电池也用碳材料。
2、能量密度：三元锂电池的电芯能量密度普遍在200Wh/kg左右，而磷酸铁锂电池的电芯能量密度大约是110Wh/kg。这意味着相同重量的电池，三元锂电池能够储存更多的能量，为新能源汽车带来更长的续航。
3、温差效率：虽然磷酸铁锂电池耐高温，但三元锂电池在耐低温方面表现更好。在极端低温（如零下20℃）条件下，三元锂电池能够释放的容量百分比高于磷酸铁锂电池。
4、循环寿命：磷酸铁锂电池的循环寿命通常优于三元锂电池，能够经受更多的充放电循环。
5、充电效率：三元锂电池在充电效率方面通常更高。
6、安全性：磷酸铁锂电池在安全性能方面表现良好，具有较小的自放电率，且无记忆效应。而三元锂电池虽然也具有较高的安全性，但在某些条件下可能存在热失控的风险。
综上所述，三元锂电池和磷酸铁锂电池在结构、能量密度、温差效率、循环寿命、充电效率以及安全性等方面存在显著差异。在选择使用哪种电池时，需根据锂电窑炉外轨自动循环线的具体需求、应用场景以及成本考虑进行权衡。